Computación de Alto Rendimiento
Tecnología para el análisis de datos que demandan una elevada capacidad de cómputo, para desarrollar la modelación y simulación computacional de problemas muy complejos.
COMPUTACIÓN DE ALTO RENDIMIENTO
La Computación de Alto Rendimiento (High Performance Computing) es una herramienta imprescindible para el análisis de datos que demandan una elevada capacidad de cómputo Se utiliza para desarrollar la modelación y simulación computacional de problemas, que por su complejidad requerirán de miles o millones de horas de procesamiento en una computadora de escritorio común.
La Computación de Alto Rendimiento integra un conjunto de herramientas y técnicas para la distribución y ejecución de trabajos en un supeordenador, que en nuestro caso es un clúster de servidores potentes enlazados entre sí a través de una red dedicada, y que acceden a un sistema de ficheros compartidos mediante NFS.
La ejecución de trabajos de forma paralela y distribuida puede resolverse utilizando especificaciones como la interfaz de paso de mensajes (Message Pass Interface; MPI) la cual define cómo los procesos se comunican entre sí mediante el envío y recepción de mensajes.
Usos de la Computación de Alto Rendimiento.
Los enormes recursos que se generan pueden emplearse en proyectos de investigación muy diversos, que van desde el diseño de nuevos medicamentos, la dinámica molecular, estudios fologenéticos, pronóstico del clima, entre otros.
En el campo de la Bioinformática y las Ciencias de la vida nos permite realizar el procesamiento asociado a la secuenciación de próxima generación (Next Generation Sequencing NGS) implicando el tratamiento de grandes volúmenes de datos que los sistemas computacionales tradicionales no pueden asumir o, si lo hacen, es con un alto coste de tiempo de computación.
El sistema está diseñado para aplicaciones de propósito general, por lo que es capaz de incorporar cualquier tipo de herramienta de cálculo científico. No obstante, ya han sido instaladas un conjunto de aplicaciones en función de los principales proyectos de investigación de los centros de BioCubaFarma que ya están conectados. Entre ellas podemos mencionar:
- GROMACS (dinámica molecular)
- Rosseta Commons
- Mathematica
- MATLAB
- Freesurfer (procesamiento de neuroimágenes)
- Librerías de PYTHON para análisis de grandes volúmenes de datos.
- NAMD
- Weather research and Forecasting (WRF)
En esta plataforma heterogénea de memoria distribuida y propósito general, es posible ejecutar diversas aplicaciones de cálculo científico, según la demanda de los clientes, por ello nuestros especialistas se encargan de compilar las mismas según las características del nodo de cómputo. Ante la necesidad de que los investigadores usen una nueva aplicación, nuestros especialistas le proporcionarán a los usuarios una evaluación (perfil de paralelismo) y las mejores opciones para la optimización, todo ello en función de lograr un procesamiento más eficiente en el menor tiempo posible.
El sistema está desarrollado sobre software libre, se utiliza como sistema operativo la versión más reciente de CentOS 8 ,como sistema gestor de recursos utilizamos Sun Grid Engine para la planificación y el despacho ordenado de las tareas. Dispone de una página web de monitoreo (http://gan-glia.biocubafarma.cu) en la cual los usuarios pueden ver en tiempo real el estado de sus trabajos y el consumo de los recursos
Conozca de cerca lo que hacemos, constate nuestra profesionalidad y entrega. Le mostramos las experiencias en el despliegue de nuestros servicios y productos.